Les idées claires sur le Covid-19 : l’origine du virus

Avatar

DÉCRYPTAGESQue sait-on vraiment après un an de pandémie et de controverses ? Septième épisode de notre série : au fait, d’où vient le coronavirus SARS-CoV-2 ?

Les questions sont multiples, les réponses peu nombreuses. Un an après le début de l’épidémie de Covid-19, les origines du SARS-CoV-2 sont toujours inconnues. L’enquête controversée menée en janvier par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) en Chine n’a pas permis de percer tous les mystères. Une frustration d’autant plus grande que le pouvoir chinois est accusé d’avoir entravé la mission, alors qu’il cherche à se défaire de sa responsabilité dans une crise sanitaire qui a dégradé son image à l’international.

Toutefois, les experts de l’OMS admettent que l’hypothèse du coronavirus transmis par un premier animal, puis un second, avant une contamination de l’homme est « la plus probable ». Malgré cela, il existe encore des zones d’ombre. S’il est acquis que le virus vient de Chine et de la chauve-souris, on ignore comment il est passé de l’animal à l’homme. Or, la question est cruciale afin d’anticiper et mieux nous prémunir des émergences futures de ce type de virus.

En l’absence d’éléments probants, et à mesure que la crise sanitaire s’est amplifiée dans le monde, les hypothèses se sont multipliées. Accident de laboratoire ? Virus créé à partir de celui du sida ? Arme biologique ? Ces spéculations plus ou moins légitimes, dont certaines émanaient d’un Prix Nobel de médecine et du président des Etats-Unis, ont semé le doute dans les esprits.

Un virus d’origine animale apparu en Chine en 2019

Ce qui est déjà admis par les scientifiques, c’est que le SARS-CoV-2 a une origine animale : c’est une zoonose en jargon scientifique. Les analyses génomiques montrent que le coronavirus dont il est le plus proche (avec qui il partage 96 % de son génome) est celui d’une chauve-souris : la souche RaTG13. La chauve-souris serait donc selon en toute vraisemblance le réservoir naturel du virus, comme elle l’a été pour d’autres coronavirus (lors de l’épidémie de SRAS en 2003, par exemple).

Les connaissances acquises semblent également confirmer l’origine géographique du coronavirus : c’est bien en Chine, dans la province du Hubei, que le virus aurait émergé vers septembre-octobre 2019. L’hypothèse longtemps privilégiée du marché animalier de Wuhan, d’où les premiers cas avaient été rapportés en décembre 2019, a en revanche été écartée. L’étude des échantillons collectés sur les animaux vendus sur place n’a pas été concluante. Aujourd’hui, les scientifiques s’accordent à dire que le marché a plutôt joué un rôle d’amplificateur de la transmission que de générateur de l’épidémie. De plus, des travaux récents ont montré que le virus circulait sans doute hors de Chine des mois plus tôt, et notamment en France dès novembre 2019.

Incertitude sur le passage de la chauve-souris à l’homme

La manière dont se transmettent les coronavirus a été étudiée, de longue date, par les scientifiques. Pour « passer » de la chauve-souris à l’homme, le coronavirus a forcément dû utiliser un hôte intermédiaire : un autre animal dans lequel le coronavirus mute. Cette mutation permet alors une transmission vers l’humain.

Pour le SRAS, cet animal intermédiaire était la civette ; pour le MERS, le dromadaire ; pour le SARS-CoV-2 on l’ignore encore. Le pangolin, petit animal des forêts tropicales, a longtemps été suspecté. A tort, car le coronavirus qui infecte le pangolin, malgré une courte séquence génétique proche du SARS-CoV-2, a un génome trop éloigné pour constituer le chaînon manquant. On aurait pu espérer que la mission de l’équipe d’experts de l’OMS dépêchée en Chine en janvier permette de découvrir l’animal mystère. Mais elle n’a pas éclairci ce point crucial.

Reste donc des hypothèses. Et parmi elles, celle du virus échappé d’un laboratoire. La controverse est inhérente à la science, et en l’absence de consensus, cette thèse ne peut être totalement écartée.

L’une des pistes concerne le RaTG13, ce fameux coronavirus de chauve-souris identique à 96 % à « notre » coronavirus. On sait que cette souche, prélevée pour la première fois en 2013 dans une mine désaffectée de la province chinoise du Yunnan, a été étudiée par des chercheurs de Wuhan – où est installé le laboratoire P4, spécialisé dans l’étude des pathogènes les plus dangereux. A-t-elle pu s’échapper par accident du laboratoire, puis muter pour devenir le SARS-Cov-2 quelques années plus tard ? Cette hypothèse est fermement rejetée par l’enquête conjointe de l’OMS et de la Chine, pour qui la fuite d’un laboratoire est « hautement improbable », et reste minoritaire dans la communauté scientifique, faute de preuves.

« Toutes les hypothèses restent ouvertes »a toutefois nuancé le directeur de l’OMS au début de février. Un rétropédalage qui traduit les tensions diplomatiques autour de cette enquête, jugée peu crédible par de nombreux scientifiques. Très attendu, le rapport final de l’OMS sur les origines du virus devait être publié la semaine du 15 mars

En résumé

Le SARS-CoV-2 est vraisemblablement d’origine naturelle, avec des premières traces qui remontent à l’automne 2019 en Chine. A partir de la chauve-souris, le virus se serait adapté à l’homme au travers d’un hôte intermédiaire. Mais son identité est toujours inconnue. En l’absence de certitudes, des hypothèses comme celle controversée d’un virus échappé d’un laboratoire ne peut être complètement écartée. Des scientifiques appellent à mener une nouvelle enquête indépendante pour éclairer la question cruciale des origines. Elle est loin d’être réglée.

  • Leave Comments